La cave est située sur la commune de
Margaux dans la région du même nom dans le
Médoc (Haut-Médoc, Bordeaux). Il trouve son origine dans une propriété appartenant à la famille de notaires Escoussès au XVIe siècle. En 1697, elle est acquise par Simon Malescot, qui lui donne la première partie de son nom actuel. En 1827, la famille vend le domaine au marquis Jean-Baptiste de Saint-Exupéry (arrière-grand-père de l'écrivain Antoine de Saint-Exupéry), qui le fusionne avec le domaine de "Loyac" et ajoute la deuxième partie du nom au nom du domaine. Lorsque le
Château Dubignon a été abandonné, une partie de ces vignobles a été ajoutée au domaine. Cinq propriétaires ont été ruinés entre 1880 et 1955 par des catastrophes comme le
phylloxéra et le
mildiou ainsi que par deux guerres mondiales. Il ne restait plus que sept hectares de vignes sur un domaine totalement délabré
Enfin, en 1955, le domaine a été acquis par Paul Zuger et son fils Roger. D'importantes rénovations ont été effectuées dans la cave et de nouveaux vignobles ont été plantés. Jusqu'en 1979, le domaine était exploité conjointement avec le
Château Marquis d'Alesme-Becker, qui appartenait également à la famille Zuger. Entre-temps, le célèbre œnologue Michel
Rolland (*1947) a été engagé comme consultant. Aujourd'hui, le Château Malescot Saint-Exupéry est géré par Jean-Luc Zuger. Dans le
classement de Bordeaux de 1855, il a obtenu le troisième rang (Troisième Cru Classé). Les vignobles couvrent 24 hectares avec du Cabernet Sauvignon (50%), du Merlot (35%), du Cabernet Franc (10%) et du Petit Verdot (5%). Ce vin rouge de longue garde est élevé pendant 14 à 16 mois dans des barriques neuves à 80 %. Le deuxième vin s'appelle "La Dame de Malescot"