L'entreprise, qui compte parmi les plus grands producteurs de vin portugais, a été fondée par José Maria da Fonseca (1804-1884). Son père s'était enrichi grâce au commerce du tabac et acheta à son fils un domaine viticole près d'Azeitãjo, au sud de Lisbonne, dans la région DOC de Setúbal. Celui-ci commença la construction d'une grande cave en 1834. Il introduisit de nouvelles techniques, notamment en espaçant davantage les vignes. La variété Castelão Francês fut plantée sur un vignoble appelé Periquita. Le vin connut un tel succès que le cépage fut bientôt appelé ainsi dans tout le Portugal et largement répandu.
Pour le Moscatel de Setúbal, déjà produit à l'époque, un nouveau mélange a été créé avec une acidité prononcée. Ce vin de dessert sucré est aujourd'hui en grande partie produit par Fonseca. Un autre acte pionnier a été la mise en bouteille des vins, à l'exception du porto, qui a été l'une des premières au Portugal. José Maria da Fonseca a dirigé le domaine pendant 50 ans et a été honoré en 1857 par le roi Pedro V (1837-1861) de la plus haute distinction du Portugal. En 1944, le descendant de la cinquième génération, António Porto Soares Franco, créa le vin rosé Lancers, qui connut par la suite un énorme succès (il avait déjà créé en 1937 le Faisca, considéré comme le premier rosé portugais). Le premier vin blanc est apparu sur le marché en 1945.
Aujourd'hui, il existe deux entreprises Fonseca (toutes deux basées à Azeitãjo), mais elles sont totalement séparées ou autonomes. Il s'agit de José Maria da Fonseca Successores et de J. M. da Fonseca International (mais il n'existe aucun lien avec la maison de porto Fonseca-Guimarãens située dans la banlieue de Vila Nova de Gaia, Porto). La seconde se concentre surtout sur la production de Lancer, dont la majeure partie est exportée vers les États-Unis. Elle produit également une grande variété de vins issus de cépages locaux et internationaux. La première entreprise est dirigée par la septième génération de descendants de la famille Fonseca. Elle est actuellement dirigée par les frères Antonio (président depuis 1986) et Domingos Soares Franco (directeur de la production depuis 1980). António est diplômé de l'université de Californie à Davis.
L'immense propriété compte aujourd'hui plus de 1.000 hectares. Il y a des parts de propriété dans des vignobles, des caves et des domaines viticoles, entre autres dans les régions ou zones DOC Alentejo (domaines D'Avillez et José de Sousa), Dão et Palmela. La large gamme de produits comprend des vins rouges et blancs issus principalement de cépages indigènes (Alvarinho, Arinto, Bastardo, Espadeiro, Loureiro, Monvedro, Periquita = Castelão Francês), qui sont parfois assemblés avec un peu de Cabernet Sauvignon et de Chardonnay ou produits en monocépage. Ce sont par exemple les vins de marque Garrafeira CO (Periquita avec un peu de Tinta Amarela), J. P. Vinhos (João Pires avant l'achat), Quinta da Bacalhôa, Quinta de Camarate (Cabernet Sauvignon et Periquita), Primum (50% Touriga Nacional et 50% Touriga Franca), Tinto Velho (à partir de variétés autochtones du domaine José de Sousa) et Terras Altas.
Les anciens vins de Setúbal datant de la période 1870-1890, élaborés selon la forme traditionnelle, constituent une particularité. Ils ont voyagé pendant des mois lors de longs voyages en bateau et ont été exposés à de fortes chaleurs ou variations de température. Ces spécialités sont appelées "Vinhos de torna-viagem" ou encore "Vinho da roda". En 2000, Fonseca a lancé un projet intéressant en soumettant des vins de Setúbal à un voyage en bateau de trois mois. Ils ont donc été produits selon l'ancienne méthode traditionnelle de la double traversée de l'Euaire. Voir à ce sujet le détail sous Torna Viagem.
