L'origine de l'entreprise actuelle remonte à 1896, lorsque l'Espagnol Federico Paternina a acheté trois bodegas à Ollauri, dans la région de la Rioja. Parmi eux, le Conde de los Andes, qui remonte déjà au XVIe siècle. En 1920, Paternina acquiert une coopérative à Haro, ce qui lui permet d'accroître considérablement sa production. À partir des années 1940, les vins ont commencé à être exportés dans le monde entier. Dans les années 1960, l'entreprise connaît des difficultés croissantes et est rachetée par la société Rumasa (propriété de Jose Marea Ruiz Mateos). Mais les problèmes de Paternina et du nouveau propriétaire sont devenus encore plus importants. Puis, au début des années 1980, la société Rumasa, lourdement endettée, et avec elle Paternina, a été reprise par le gouvernement espagnol.
Lors d'une vente aux enchères, Paternina a été acquise par Marcos Eguizábal Ramirez en 1985 pour une seule peseta. Les débuts ont été difficiles, par exemple 40 000 caisses de vin de mauvaise qualité ont dû être détruites. En 1990, une nouvelle cave a été mise en service à Haro. Au milieu des années 1990, de bons produits avaient rétabli l'ancienne réputation. Entre-temps, le fils de Marco, Carlos Eguizábal, travaillait dans l'entreprise. Enfin, Paternina est entrée en bourse en 1998. À propos, la cave Bodegas Franco Españolas appartient également à la société. Dès 1994, la société "Bodegas Internacionales" de Jerez a été achetée, qui possédait une série de marques traditionnelles de xérès comme Bertola, Díez Hermanos, Marqués de Mérito, Bertola et José Pemartín y Cia. Paternina commence alors à produire davantage de sherry et de brandy de Jerez et s'impose comme un producteur de premier plan. La production de sherry a ensuite été revendue.
La nouvelle cave de Rioja est située dans la ville de Haro, au centre de la sous-région Rioja Alta. Ses propres vignobles couvrent 100 hectares de vignes, mais elle achète également des raisins à grande échelle auprès de coopératives et de vignerons. Pour l'élaboration des vins, 50 000 barriques sont disponibles. La plus grande quantité de production est constituée des Crianzas "Banda Azul", "Banda Rojo" et "Banda Dorada" (70 à 80% Tempranillo, 10 à 20% Garnacha Tinta, 5 à 10% Mazuelo, jusqu'à 5% Graciano). Les produits phares sont la Reserva "Viña Vial", ainsi que les Gran Reservas "Federico Paternina" (65% Tempranillo, 15% Garnacha Tinta, 10% Graciano, 10% Mazuelo) et "Conde de los Andes" (80% Tempranillo, 10% Garnacha Tinta et 10% Mazuelo). Une nouvelle bodega a été ouverte en 2000 dans la municipalité de Quintana del Pidio, près de Pesquera de Duero, dans la région de Castilla y León. Les vignobles de la DO Ribera del Duero couvrent 41 hectares de vignes à Quintana del Pidio, Gumiel de Mercado et à Gumiel de Izán. Il est prévu de l'étendre à une superficie de 100 hectares. Les vins sont commercialisés sous l'étiquette Marqués de Valparaiso depuis le millésime 2004.
